En el increíble fuerte Inca de Ollantaytambo se libró en 1537 una de las batallas más importantes en la historia de la resistencia indígena a la invasión española. Fue ahí donde Manco Inca lideró un ejército de cerca de 20 mil guerreros para enfrentarse en una lucha decisiva a Hernando Pizarro, uno de los tres hermanos del famoso conquistador Francisco Pizarro, quien atacó dicha fortificación con más de cien soldados españoles y 30 mil aliados indígenas.
A pesar de ser uno de los líderes rebeldes más importantes en la historia de la conquista del Perú, en un comienzo Manco tuvo una relación amistosa con los españoles. Después de todo, los conquistadores trajeron orden a un imperio que había sido fracturado por la guerra civil entre Atahualpa y Huáscar y fueron también quienes coronaron a Manco como Inca, monarca del Tahuantinsuyo.
No está de más mencionar que la razón por la cual los españoles querían a Manco era porque sería un títere que facilitaría la conquista de la tierra. En poco tiempo se fracturó esta frágil alianza, ya que los hispanos no tardaron en abusarar de la hospitalidad altiplánica, demandando al Inca grandes tributos de oro, comida, ropa e incluso mujeres.

Con el tiempo Manco adquirió un odio particular por Juan y Gonzalo Pizarro, los hermanos menores de Francisco que habían sido encomendados la tarea de gobernar la capital de Cusco. Entre varios de sus crímenes, los españoles tuvieron la audacia de encadenar a Manco y tomarlo preso en al menos tres ocasiones distintas, causando que el Inca determinara rebelarse contra «los barbudos».
Aprovechándose de la incredulidad de Hernando Pizarro, Manco viajó fuera de la ciudad con la excusa de que iría a buscar estatuas de oro. En realidad, su propósito fue formar un gran ejército con el que asedió Cusco. Así, la ciudad en la que se encontraban los tres hermanos de Francisco Pizarro fue rodeada por más de cien mil guerreros que tenían por intención matar a todos los españoles que ahí se encontraban.
Varios meses duró el sitio y los Inca, que tenían su campamento en el fuerte de Sacsayhuamán, progresivamente fueron ganando control de la capital. Mientras tanto varias expediciones que buscaban auxiliar a los españoles fueron enviadas por Francisco Pizarro, quien desde Lima temía por la seguridad de sus hermanos. Sin embargo, ninguna de estas fuerzas llegó a Cusco, ya que el ingenioso general Quizu Yupanqui aprovechó al máximo el terreno altiplánico para aniquilar a todas las tropas españolas que cruzaban los angostos caminos del Imperio.

Aún así, los hermanos Pizarro no estaban desprotegidos. Mientras tuviesen caballos tendrían un arma con la que podrían combatir con extrema eficiencia. Manco sabía esto, por lo que antes de pelear mandaba hacer barricadas y agujeros en los caminos para dificultar el movimiento de los jinetes, quienes ya contaban con la desventaja de luchar en tierras montañosas y calles angostas. Cuando los españoles se acercaban a luchar, los guerreros de Manco aprovechaban la altura de las montañas, muros y techos de casas para bombardear al enemigo con las piedras que sus hondas disparaban.
Consciente de la situación desfavorable Juan Pizarro, quien había torturado a Manco en varias ocasiones cuando lo tuvo encarcelado, decidió de todas formas galopar a Sacsayhuamán y tratar de dispersar a los incas que ahí estaban refugiados. Su ataque no duró mucho, ya que mientras los jinetes trataban de capturar los muros exteriores, un piedrazo acertó en su cabeza causandole la muerte.

A pesar de la muerte de su hermano, Hernando entendió la importancia de capturar la fortaleza. Utilizando muchas escaleras de asedio, Pizarro tomó control de las torres de Sacsayhuamán, causando la retirada de Manco. Abandonando el sitio de Cusco, el Inca se retiró junto a su ejército al impenetrable fuente de Ollantaytambo.
Alentado por su gran victoria, Hernando formó una expedición de setenta jinetes, treinta infantes y decenas de miles de auxiliares nativos que marcharon con él para capturar a Manco y acabar de una vez por todas con su rebelión. Si bien los españoles estaban confiados de que nuevamente serían victoriosos, sus ánimos cambiaron al ver los increíbles muros que yacían en la montaña. Así es como Pedro Pizarro, quien peleó en la batalla, relató lo que vieron:
«Pues llegados que fuimos, hallamos a Tambo tan fortalecido, que era cosa de grima, porque el asiento donde Tambo está es muy fuerte, de andenes muy altos, y de muy gran cantería fortalecidos. Tiene una sola entrada, arrimada a una sierra muy agra, y en toda ella mucha gente de guerra con muchas galgas que arriba tenían para echar cuando los españoles quisiésemos entrar. La puerta era alta, de grandes muros de una parte y de otra, tapiada a piedra y lodo de muy gruesa pared, y solo un agujero en ella por donde un indio a gatas entraba por otra parte. «
No pudieron acercarse mucho a los muros antes de que fuesen repelidos por miles de arqueros y guerreros armados con hondas. Ante tal violenta lluvia de misiles los españoles se asustaron y comenzaron a correr hacia tierra segura, lo cual inspiró a los guerreros de Manco que dando grandes gritos salieron a perseguir al enemigo.
Armados con armamento español que había sido capturado en enfrentamientos pasados, los guerreros del Inca causaron grandes estragos en las filas de Hernando. El mismo Manco apareció montado a caballo y con lanza en mano, ordenó a sus ingenieros que divergieran las aguas del río Patacancha para que inundaran las planicies donde se encontraban los jinetes españoles, incapacitándolos para la lucha. Al ver que la victoria era imposible, Pizarro escapó del lugar.

Los guerreros de Manco dieron una larga persecución a los españoles, pero no lograron evitar que la expedición regresase a Cusco. El fracaso de Hernando tuvo un gran efecto moral para los rebeldes, quienes celebraron por días la victoria, pero aún así Manco lamentó no haber podido capturar a Pizarro. Así concluyó la batalla de Ollantaytambo , que marcó el inicio de un estado Inca independiente que por décadas enfrentó a la agresión española.